Naton pommitusten loputtua alkoi niiden ympäristövaikutusten selvitys entisen Jugoslavian alueella. Nykyinen ulkoministeri Pekka Haavisto johti kansainvälistä työryhmää.
Alueen omat viranomaiset käyttivät käsitettä ecoside, luonnonmurha. Haavisto sanoi pommitusten seurausten tukevan tätä mielikuvaa. Pahimmilta kohteilta vaikuttivat alustavasti öljynjalostamoihin ja kemianteollisuuteen kohdistuneet iskut. Pohjavedet olivat saastuneet laajalti. Sähköasemiin ja muuntajiin kohdistuneista iskuista ympäristöön vapautui Haaviston supermyrkyksi kutsumaa BSB:tä.
Naton ammuksissa käytettiin myös köyhdytettyä uraania. Tiedemiehet olivat erimielisiä siitä, hukkuiko niistä lähtevä taustasäteilyyn ja vai oliko se vaarallista.
Erityisen hämmästynyt Haavisto oli siitä, että Nato pudotti yli jääneitä pommeja Adrianmereen. Ne makasivat niin syvällä, ettei nostaminen ollut mahdollista.